Cili habanero berasal dari rantau Amazonas, dan dari sana ia disebarkan melalui Mexico.[3] Spesis habanero domestik, yang boleh dijejak tarikhnya pada usia 8,500 tahun, ditemui di sebuah tapak penggalian arkeologi di Peru.[4] Buah utuh habanero tanaman, dijumpai di dalam tahap sebelum seramik di Gua Guitarrero di kawasan tanah tinggi Peru, bertarikh 6500 SM.

Habanero kemudiannya dibawa utara ke Caribbean melalui Colombia. Setelah diketahui oleh orang Sepanyol, cili habanero dengan pantas disebarkan ke lain-lain kawasan iklim sederhana di dunia, ke tahap abad ke-18 apabila ahli taksonomi tersalah anggap China sebagai tempat asalnya dan memanggilnya Capsicum chinense ("lada Cina").[5][6][7]

Hari ini, pengeluar terbesar habanero ialah Semenanjung Yucatan Mexico.[8] Habanero merupakan sebahagian makanan Yucatecan. Cili habanero mengiringi kebanyakan hidangan di Yucatan, sama ada dalam bentuk utuh atau bentuk purée/salsa. Pengeluar moden yang lain termasuk Belize, Panama, Costa Rica, Colombia, Ecuador, dan bahagian-bahagian Amerika Syarikat, termasuk Texas, Idaho, dan California. Sementara Mexico adalah pengguna terbesar bahan pedas ini, rasa dan aromanya telah menjadi semakin popular di seluruh dunia.